1.

《從加爾文到今日改革宗傳統：多元開展，與時俱進的信仰旅程》，台南：台灣教會公報社，2018年。

2.

《定根本土的台灣基督教：台灣基督教史研究論集》，台南：人光出版社，2005年。

3.

《歷史與信仰：從基督教觀點看台灣和世界》，台南：人光出版社，1999年。

4.

《基督教歷史觀之研究》，台北：永望出版社，1985年。

1.

與陳美玲、江淑文、盧啟明合著，《和平物語：日產傳承・族群融合》，台北：台灣基督長老教會七星中會和平教會，2018年4月。

 2.

與陳美玲、江淑文、盧啟明合著，《上帝的菜園仔：財團法人台北市台北中華基督教會公理堂發展史，1936-2015》，台北：中華基督教會公理堂，2017年6月。

 3.

鄭仰恩、陳美玲、江淑文、盧啟明編寫，《修剪、更新、成長：從吳威廉牧師的宣教，看今日台灣基督長老教會組織體制的更新與再造》，台北雙連教會百週年紀念專書，2014年。

 4.

鄭仰恩、江淑文主編，《歷史的記憶與傳承 – 台灣教會人物檔案》第二集，台南：台灣教會公報社，2013年7月。

 5.

鄭仰恩主編。《台灣基督長老教會歷史教育手冊》。台南：使徒，2010。

 6.

Richard R. Osmer 原著，鄭仰恩．林明珠編著，林明珠等譯，《受教的心志—論教會的教導職份》，台南：人光出版社，2001年10月。

 7.

陳南州．黃伯和．鄭仰恩編，《聖經．詮釋．實況—駱維仁博士榮退紀念文集》，台北：永望，2001年10月。

 8.

鄭仰恩主編，《信仰的記憶與傳承—台灣教會人物檔案(一)》，台南：人光出版社，2001年9月。

 9.

鄭仰恩編，《宣教心．台灣情—馬偕小傳》，台南：人光出版社，2001年2月。

10.

鄭仰恩．林明珠編著，《信仰的成長和深化 – 基督教教育論集》，台南：人光出版社，1998年10月。

11.

鄭仰恩編著，《人與基督徒生活 – 信仰尋求了解》，新使者叢書，台南：人光出版社，1998年9月出版。

12.

鄭仰恩編著，《上帝與神學 – 信仰尋求了解》，新使者叢書，台南：人光出版社，1997年11月出版。

1.

“How Could We Sing the Lord’s Song in a Foreign Land? Theological Reflection on the Asian Context,” Mission 21 in Asia: Towards Diversity, Subjectivity and Communion, edited by Kwang Sun Choi & Hsiu Chuan Lin (Basel: Mission 21, 2018), pp. 105-128.

2 .

〈與時俱進・回應挑戰：改革宗傳統的當代面貌〉，《山道期刊》，第39期，香港：香港浸信會神學院，2017年6月，頁35-60。

 3.

〈長老教會在台灣〉，《宣教歷史與回顧》，吳文雄主編，台北：中華基督教會公理堂，2016年12月，頁23-41。

 4.

校注，井上伊之助原著，《台灣山地傳道記：上帝在編織》，石井玲子譯，台北：前衛出版社，2016年7月。

 5.

〈美國的奧古斯丁？愛德華茲的歷史神學初探〉，《台灣神學論刊》，第41期，台北：台灣神學院，2015年，頁1-20。

 6.

〈解題〉，Edward Band 原著，《福爾摩沙的巴克禮》，楊雅婷譯，台南：國立台灣歷史博物館・台南神學院，2015年12月，頁22-32。

 7.

〈黃彰輝牧師及現今普世視域中的實況化神學發展〉，《黃彰輝牧師的精神資產研討會論文集》，王崇堯等主編，台南：南神出版社，2015年6月，頁165-192。

 8.

〈梅監務筆下的台灣社會及漢人宗教文化〉，《傳教士筆下的大陸與台灣》，王成勉主編，台北：國立中央大學出版中心/遠流出版社，2014年10月，頁335-361。

 9.

〈公共神學的興起及其對台灣處境的關連性〉，《台灣神學論刊》，第37期，台北：台灣神學院，2013年，頁71-98。

10.

〈傳統領域/主權爭議中的基督信仰〉，《玉山神學院學報》，第20期，2013年6月，頁153-162。

11.

〈加爾文論人的墮落與罪—淺釋宗教改革時期基督宗教的幽暗意識〉，《基督宗教之人觀與罪觀—兼論對華人文化的意義》，林鴻信編，台北：國立台灣大學出版中心，2013年6月，頁231-259。

12.

導讀及審訂，大衛．班特利．哈特著，《基督教的故事》，王聖棻譯，台中：好讀，2013年4月。

13.

〈蘇格蘭啟蒙運動對早期台灣基督教的影響 – 從馬偕的現代化教育理念談起〉，《台灣文獻》，第63卷第4期（南投：國史館台灣文獻館，2012年12月31日），頁137-164。

14.

〈述說台灣基督徒的生命故事 – 一個本土故事神學的嘗試〉，《原住民身份認同與神學》，布興・大立主編，花蓮：玉山神學院，2012年1月，頁185-212。

15.

〈改革宗傳統的人文精神：傳承與遠景〉，《跨文化視野中的人文精神 – 儒、佛、耶、猶的觀點與對話芻議》，林鴻信編，台北：國立台灣大學出版中心，2011年10月，頁123-162。

16.

〈愛德華滋與北美洲第一次大醒悟運動〉，《台灣神學論刊》，第33期，台北：台灣神學院，2011年，頁27-44。

17.

〈加爾文的時代處境及重要生平記事〉，《加爾文與今日教會》。台北：台灣基督長老教會總會，2011年7月，頁3-44。

18.

〈加爾文傳統與台灣〉，《台灣神學論刊》，第31期，台北：台灣神學院，2009年，1-29頁。

19.

“Calvinism and Taiwan,” Theology Today, vol. 66, no. 2 (July 2009), pp. 184-202.

20.

〈權力神學初探〉，《玉山神學院學報》，第16期，2009年6月，頁25-46。

21.

〈導讀〉。奧古斯丁著。《道德論集》。石敏敏譯。北京：新華，2009，頁1-19。

22.

〈Body Matters! – 從身體神學的觀點漫談殘障神學的建構〉。《神學的殘障與殘障的神學》。陳文珊編著。台北：永望，2009，頁137-157。

23.

“A Short History on Charismatic Movements in Taiwan.” Taiwan Journal of Theology. Vol. 30. Taipei: Taiwan Theological Seminary, 2008, pp. 95-110.

24.

〈台灣靈恩運動發展初探〉，《台灣神學論刊》，第30期，台北：台灣神學院，2008年，77-93頁。

25.

〈犯鬼趕鬼 vs. 破除偶像—初探台灣基督教史中的趕鬼經驗〉，《台灣基督長老教會鬼附與趕鬼研討會 – 本土神學研究論文集(1)》，石素英主編，台北：台灣神學院，2008，64-94頁。

26.

鄭仰恩，〈信仰的啟蒙或教化？英國和加拿大長老教會在台宣教初期教育工作之探討〉，《將根紮好—基督教在華教育的探討》，王成勉主編，台北：黎明文化，2007，頁353-377。

27.

導讀文章（台灣的黑鬍蕃—馬偕其人其事），《福爾摩沙紀事 － 馬偕台灣回憶錄》，2007年，台北：前衛，329-359頁。

28.

〈試論梅監務的台灣宣教研究〉，《玉山神學論刊》，第14期，花蓮：玉山神學院，2007年，13-40頁。

29.

〈梅監務的初代基督教研究〉，《台灣神學論刊》，第28期，台北：台灣神學院，2006年，17-52頁。

30.

“Challenges to Mission, Evangelization and Ecumenism in Asia,” CTC Bulletin, Vol. XXI, No. 1, Hong Kong: Christian Conference of Asia, April 2005, pp. 10-16.

31.

“Calvin on the Work of the Holy Spirit and Spiritual Gifts”，《台灣神學論刊》，第27期，台北：台灣神學院，2005年，173-206頁。

32.

〈加爾文論聖靈的工作和屬靈恩賜〉，《台灣神學論刊》，第27期，台北：台灣神學院，2005年，41-66頁。

33.

〈基督教歷史中的文化脈絡—看基督教何去何從？〉，台灣世界展望會編著，《原住民文化與福音的對話》（台北：台灣世界展望會，2004），頁41-50。

34.

〈論加拿大教會聯合運動及其對台灣教會的影響〉，分為上下兩篇刊於《台灣神學論刊》，第26期，台北：台灣神學院，2004年，21-87頁；以及第27期， 2005年。

35.

〈台灣基督長老教會與台灣的民主發展—歷史傳承與本土經驗的結合〉，《二十世紀台灣民主發展—第七屆中華民國史專題論文集》，台北︰國史館，2004

年，945-980頁。

36.

〈台灣基督長老教會的本土化〉，《台灣漢文化之本土化》，張德麟主編，台北：前衛出版社，2003年， 133-175頁。

37.

〈漫談近年來的加爾文研究及其相關文獻〉，《台灣神學論刊》，第25期，台北：台灣神學院，2003年，115-138頁。

38.

〈台灣教會醫學史中道德觀的演變〉，《台灣醫療道德之演變—若干歷程及個案探討》，余玉眉．蔡篤堅主編，台北︰國家衛生研究院，2003年，5-39頁。

39.

“What New Song Shall We Sing?—A Review of the Theory and Practice of Asian Theologies from a Taiwanese Perspective”，《台灣神學論刊》，第23期，台北：

台灣神學院，2001，161-199頁。

40.

〈試論台灣本土歷史神學研究的走向〉，《台灣神學論刊》，第23期，台北：台灣神學院，2001年，17-29頁。

41.

〈台灣基督長老教會與台灣社會：一世紀來的歷史回顧〉，《台灣神學論刊》，第22期，台北：台灣神學院，2000年，1-22頁。

42.

“A Sustainable Spirituality and Compassion for the People and the Land,” Sustaining Spiritualities with Living Faiths in Asia in the Context of Globalization,

edited by Chung, Sook Ja & Marlene Perela, Colombo: Ecumenical Association of Third World Theologians, 2002, pp. 30-43.

43.

〈我們的神學該怎麼教？—神學教育的多元發展與整合〉，《台灣神學教育年刊》，第一期，台北：台灣神學教育協會，2000年10月，57-78頁。

44.

〈從基督教的發展談宗教心靈與社會文化的關係 – 兼論其對台灣社會的啟示〉，《台灣的危機與轉機》，黃宗樂主編，台北：前衛出版社，2001年，219-238頁。

45.

“A Historical Review of Christianity in Taiwan at the Turn of the Century”，《台灣神學論刊》，第20期，台北：台灣神學院，1998年3月，123-143頁。

46.

“Jean Morely and the Democratization of the Ecclesiastical Polity in the Early Calvinist Tradition,” Calvin in Asian Churches, Vol. I, Proceedings of the Asian Congress on Calvin Research, edited by Sou-Young Lee, Seoul: Korean Calvin Society, 2002, pp. 353-385.

47.

〈尚．慕赫利事件 – 法國改革宗教會草創初期的一場教制之爭〉，《台灣神學論刊》，第19期，台北：台灣神學院，1997年3月，91-120頁。

48.

“Building a Harmonious Society in Taiwan - Ideological Point of View”，《台灣神學論刊》，第18期，台北：台灣神學院，1996年，121-130頁。

49.

〈論信仰意識的培養與傳承〉，《基督教教育期刊》，創刊號，台北：基督教教育學會，1996年5月，34-41頁。

50.

“The Bible and the Critique of Ideology,” Reading the Bible Through Asian Eyes，Hong Kong：CCA-Youth，1996，pp. 91-93.

51.

〈以信仰來共同解讀歷史〉，黃伯和等著，《族群和諧》，台北：雅歌出版社，1995年8月，78-85頁。

52.

“Peter Abelard and World Religiosity - A Study of His Dialogus inter Philosophum, Iudaeum et Christianum”，《台灣神學論刊》，第15期，台北：台灣神學院， 1993年3月，83-97頁。

53.

“An ‘Autonomous Kingdom of God? – A Reappraisal of Luther’s View of Secular Authority”，《台灣神學論刊》，第14期，台北：台灣神學院，1992年3月， 167-85頁。

54.

“Ernst Troeltsch and Dietrich Bonhoeffer: The Identity of Christianity in the Modern World”，《台灣神學論刊》，第13期，台北：台灣神學院，1991年3月，117-39頁。

55.

“The Idea of Logos in Justin Martyr’s Writings”，《台灣神學論刊》，第10期，台北：台灣神學院，1988年3月，255-73頁。